Сфера здравоохранения Череповца — это пять больниц (многопрофильные: областная больница № 2, городская больница № 2, медсанчасть «Северсталь», детская больница и специализированные: родильный дом), четыре диспансера, пять амбулаторно-поликлинических учреждений, две взрослые и одна детская стоматология, станции скорой помощи и переливания крови, центр медицинской профилактики, детский санаторий, Дом ребёнка, отделение для амбулаторного приема ВИЧ-инфицированных в областной больнице № 2.
Среди причин смерти трудоспособного населения лидируют болезни системы кровообращения, органов пищеварения, травмы и отравления. Среди причин младенческой смертности 72% занимают болезни перинатального периода, доля врожденных пороков развития составляет 3,8%.